Aguilafuente es, sin duda, una localidad con un importante pasado histórico, debido a la existencia en su término municipal de numerosos yacimientos. A todo ello se unen los múltiples acontecimientos históricos que se desarrollaron en época medieval y moderna y que han dotado al municipio una importante proyección histórica.
Las primeras manifestaciones humanas en lo que actualmente es el término municipal de Aguilafuente se remontan al Neolítico, tal como se desprende del hallazgo de un hacha pulimentada. Dicho hallazgo se encuentra actualmente depositado en el Museo de Segovia y posee una cronología en torno a los 3.500 años a.C.
Sin embargo, es el Bronce Final (1.200-750 a.C.) el periodo prehistórico mejor representado en la localidad, debido a la presencia de múltiples yacimientos en su término como son Las Horcas, Carratejera, La Guarnecida, pero sobre todo, La Pencona, con hallazgos de cerámicas decoradas, y El Arenero (Cuesta de La Ribilla), donde se hallaron algunos valiosos restos cerámicos elaborados a mano.
La presencia de época romana en Aguilafuente se remonta probablemente a los tres primeros siglos de nuestra era, tal como se desprende de los hallazgos producidos en el yacimiento altoimperial de La Guarnecida, también con la estela funeraria empotrada en la Iglesia de San Juan Bautista, con una formula epigráfica cuya cronología se remonta al siglo II de nuestra era y, sobre todo, con la presencia de terra sigillata altoimperial en la villa romana de Santa Lucía, lo cual adelanta la fecha de fundación de este asentamiento latifundista hasta finales del siglo I o principios del II d.C.
La villa de Santa Lucía contiene mosaicos, pinturas murales y un abundante material cerámico, en el que destacaban los fragmentos de terra sigillata hispánica tardía, así como de cerámica común, lo cual nos indica la presencia en esta zona de una mansión cuyo propietario ostentaba la titularidad de una gran explotación latifundista.
Otros yacimientos del periodo bajoimperial los encontramos en el paraje conocido como Los Valladares y nuevamente en La Guarnecida.
La provincia de Segovia es pródiga en hallazgos del pueblo visigodo, como demuestran las necrópolis visigodas de Duratón, Castiltierra, Ventosilla y Tejadilla, Espirdo, Madrona o Aguilafuente. En nuestro caso, la necrópolis fue descubierta durante las excavaciones de la villa de Santa Lucía, superponiéndose a los restos ya abandonados del edificio romano. Se hallaron en las excavaciones 198 enterramientos, de los que justo la mitad (99) poseían algún tipo de ajuar funerario, destacando las fíbulas, broches de cinturón, collares, pendientes, anillos y aretes.
Ya en la Edad Media nos debemos situar a finales del siglo XI, cuando Aguilafuente seguramente es repoblada, una vez guarnecida toda la Extremadura castellana tras la conquista del Reino de Toledo por Alfonso VI en 1085.
Poco tiempo después la localidad aparece en algunos documentos de los siglos XII y XIII, entre los que debemos señalar especialmente uno correspondiente a 1137 en el que se señala un topónimo denominado Baguilafont, siendo ésta la primera vez en que aparece el nombre del que derivara la actual denominación del municipio. En este contexto medieval se edificaron las dos iglesias existentes en la localidad: San Juan (s. XII) y Santa María (s. XIII).
El siglo XV fue sin duda una centuria de esplendor para Aguilafuente, debido tanto a su posición estratégica dentro de las rutas de viaje de los monarcas castellanos.
Durante el reinado de Enrique IV de Castilla, del 1 al 10 de junio de 1472 se celebra en la Iglesia de Santa María un Sínodo diocesano convocado por el obispo Arias Dávila. Las actas sinodales y el relato de los hechos acaecidos a lo largo de los 10 días que duró, dieron motivo para que saliera a la luz el libro denominado como “Sínodo de Segovia” o “Sinodal de Aguilafuente“, considerado joya bibliográfica por ser el primer libro impreso en España. Este incunable se encuentra en el museo de la Santa Iglesia Catedral de Segovia.
En algunos de los años finales del siglo XV (1489, 1492, 1496 y 1497) Aguilafuente es sede de varios Consejos Generales de la Mesta, la poderosa agrupación de los ganaderos ovinos del reino, lo que refleja sin duda la importancia que alcanza la villa en ese siglo de transición hacia la Edad Moderna.
Participa la villa en la Guerra de las Comunidades en contra del emperador Carlos I, por lo quizás este hecho motiva al Cabildo Catedralicio para desprenderse de ella, vendiéndola a D. Pedro de Zúñiga, duque de Béjar, el 22 de octubre de 1536.
Poco después Felipe II concede a su hijo el título de marqués de Aguilafuente. Este hecho y la decadencia de la monarquía de los Austrias en aquella época afectan considerablemente a su desarrollo.
Algunos de los pobladores de esta villa intervinieron en la conquista de América, como Alonso del Río, así lo relata el conquistador Bernal Díaz del Castillo en su Historia Verdadera de la Conquista de la Nueva España.
En la guerra de la Independencia de 1808 con la entrada de las tropas de Napoleón, dada la extensión de los pinares que rodean la villa, la población participó muy activamente en la guerra de guerrillas contra el invasor.
Ya en el siglo XX, y concretamente en el periodo de la Guerra Civil (1936-1939), Aguilafuente quedó encuadrado en la llamada zona nacional, al igual que la mayor parte de Castilla la Vieja.
Posteriormente Aguilafuente, una vez superada la guerra y la posguerra sufrió las funestas consecuencias de la inmigración hacia las grandes, experimentando así el fenómeno del envejecimiento de la población actual.